Pentru o mai bună organizare, AIESEC Tîrgu Mureş este structurat pe mai multe departamente (Relații Externe, Comunicare, Resurse Umane, Financiar, Incoming Exchange şi Outgoing Exchange), urmărindu-se formarea de competențe specifice pentru membri, elaborarea unui cadru de învățare, delimitarea sarcinilor și asigurarea productivității pe ariile pe care activează aceștia.

Departamentul de Relații Externe (External Relations) – Este departamentul în care fiecare membru poate învăța lucruri ce țin de arta negocierii, cum să-și valorifice produsele, cum să vândă și cum să mențină relația cu partenerii.

Departamentul de  Comunicare (Communication) – Se ocupă de imaginea organizației și a activităților,  crearea și transmiterea mesajelor prin diverse medii de comunicare la nivel intern și extern. De asemenea, se ocupă de realizarea tuturor mijloacelor necesare pentru promovarea activităților.

Departamentul de Resurse Umane (Talent Management) – este responsabil de procesele ce implică membri și lucrul cu oamenii: recrutare, selecție, evaluare, dezvoltare/pregătire, ciclu de învățare, dezvoltare personală.

Departamentul Financiar – departamentul responsabil de gestionarea tuturor resurselor AIESEC și obținerea de fonduri nerambursabile pentru proiectele noastre.

Departamentul Incoming Exchange – se ocupă de găsirea persoanei potrivite pentru un stagiu de practicã în Tîrgu Mureş, precum și de facilitarea stagiului pentru studenții internaționali și de asigurarea condițiilor optime pentru ei.

Departamentul Outgoing Exchange – este departamentul ce se ocupă de experienţele internaţionale pentru studenții care vor să plece în altă țară, fiind responsabil de recrutarea, selecția și facilitarea procesului.